MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 1703

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_013207	CCG	2	6	77078	77083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1502	NC_013207	GGT	2	6	77140	77145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793121
1503	NC_013207	CGG	2	6	77227	77232	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793121
1504	NC_013207	GGCGC	2	10	77254	77263	0 %	0 %	60 %	40 %	257793121
1505	NC_013207	CTG	2	6	77318	77323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793121
1506	NC_013207	CG	3	6	77364	77369	0 %	0 %	50 %	50 %	257793121
1507	NC_013207	GC	3	6	77370	77375	0 %	0 %	50 %	50 %	257793121
1508	NC_013207	TCG	3	9	77388	77396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793121
1509	NC_013207	GC	3	6	77416	77421	0 %	0 %	50 %	50 %	257793121
1510	NC_013207	ACA	2	6	77431	77436	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793121
1511	NC_013207	GAT	2	6	77480	77485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793121
1512	NC_013207	ACCTGC	2	12	77505	77516	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257793121
1513	NC_013207	GGGA	2	8	77565	77572	25 %	0 %	75 %	0 %	257793121
1514	NC_013207	TCG	2	6	77604	77609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793121
1515	NC_013207	GAT	2	6	77763	77768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793121
1516	NC_013207	GTT	2	6	77793	77798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1517	NC_013207	GTG	2	6	77802	77807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_013207	TGG	3	9	77836	77844	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1519	NC_013207	CGC	2	6	77871	77876	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1520	NC_013207	GGAT	2	8	77919	77926	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1521	NC_013207	CG	3	6	77952	77957	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1522	NC_013207	TGT	2	6	77961	77966	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_013207	GCG	2	6	78156	78161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_013207	TTC	2	6	78199	78204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1525	NC_013207	GCTG	2	8	78209	78216	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1526	NC_013207	GGC	2	6	78236	78241	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1527	NC_013207	CAG	2	6	78244	78249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1528	NC_013207	GCGA	2	8	78261	78268	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1529	NC_013207	TCT	2	6	78291	78296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1530	NC_013207	AGG	2	6	78314	78319	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1531	NC_013207	GC	3	6	78411	78416	0 %	0 %	50 %	50 %	257793122
1532	NC_013207	CGT	2	6	78552	78557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793122
1533	NC_013207	TGCCGA	2	12	78609	78620	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793122
1534	NC_013207	AGA	2	6	78673	78678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793122
1535	NC_013207	TGA	2	6	78699	78704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793122
1536	NC_013207	CGG	2	6	78736	78741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793122
1537	NC_013207	CGC	2	6	78781	78786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793122
1538	NC_013207	GAT	2	6	78987	78992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793122
1539	NC_013207	TCG	2	6	79011	79016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793123
1540	NC_013207	GT	3	6	79092	79097	0 %	50 %	50 %	0 %	257793123
1541	NC_013207	ACG	2	6	79129	79134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793123
1542	NC_013207	TGG	2	6	79193	79198	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793123
1543	NC_013207	CAG	2	6	79202	79207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793123
1544	NC_013207	GTG	2	6	79212	79217	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793123
1545	NC_013207	ACG	2	6	79255	79260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793123
1546	NC_013207	TAC	2	6	79299	79304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793123
1547	NC_013207	CGA	2	6	79316	79321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793123
1548	NC_013207	GTTAG	2	10	79430	79439	20 %	40 %	40 %	0 %	257793123
1549	NC_013207	TGG	2	6	79469	79474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1550	NC_013207	GGA	2	6	79493	79498	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1551	NC_013207	TGAG	2	8	79512	79519	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1552	NC_013207	AGG	2	6	79571	79576	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1553	NC_013207	TGT	2	6	79586	79591	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793124
1554	NC_013207	CTG	2	6	79597	79602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793124
1555	NC_013207	GGC	2	6	79636	79641	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793124
1556	NC_013207	TCA	2	6	79643	79648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793124
1557	NC_013207	TCG	2	6	79736	79741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793124
1558	NC_013207	TCA	2	6	79782	79787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793124
1559	NC_013207	CG	3	6	79835	79840	0 %	0 %	50 %	50 %	257793125
1560	NC_013207	CGCGC	2	10	79874	79883	0 %	0 %	40 %	60 %	257793125
1561	NC_013207	TTC	2	6	79914	79919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793125
1562	NC_013207	CGA	2	6	79928	79933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793125
1563	NC_013207	GCC	2	6	79961	79966	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793125
1564	NC_013207	GAA	2	6	80016	80021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793125
1565	NC_013207	CG	3	6	80032	80037	0 %	0 %	50 %	50 %	257793125
1566	NC_013207	GGT	2	6	80050	80055	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793125
1567	NC_013207	GTG	2	6	80126	80131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793125
1568	NC_013207	CG	3	6	80170	80175	0 %	0 %	50 %	50 %	257793125
1569	NC_013207	GGC	2	6	80191	80196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793125
1570	NC_013207	AGG	2	6	80203	80208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793125
1571	NC_013207	TCA	2	6	80225	80230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793125
1572	NC_013207	GC	3	6	80280	80285	0 %	0 %	50 %	50 %	257793126
1573	NC_013207	GGCG	2	8	80304	80311	0 %	0 %	75 %	25 %	257793126
1574	NC_013207	GGT	2	6	80319	80324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793126
1575	NC_013207	TCG	2	6	80390	80395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793126
1576	NC_013207	GAG	2	6	80458	80463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793126
1577	NC_013207	GA	3	6	80504	80509	50 %	0 %	50 %	0 %	257793126
1578	NC_013207	GTG	2	6	80560	80565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793126
1579	NC_013207	CGG	3	9	80592	80600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793126
1580	NC_013207	CCG	2	6	80630	80635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793126
1581	NC_013207	TGGC	2	8	80638	80645	0 %	25 %	50 %	25 %	257793126
1582	NC_013207	GAG	2	6	80746	80751	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793126
1583	NC_013207	TTG	2	6	80815	80820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793126
1584	NC_013207	CG	3	6	80887	80892	0 %	0 %	50 %	50 %	257793126
1585	NC_013207	AGCG	2	8	81014	81021	25 %	0 %	50 %	25 %	257793126
1586	NC_013207	GAG	2	6	81025	81030	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793126
1587	NC_013207	CGC	2	6	81035	81040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793126
1588	NC_013207	GTC	2	6	81044	81049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793126
1589	NC_013207	GAG	3	9	81106	81114	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793126
1590	NC_013207	CGC	2	6	81125	81130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793126
1591	NC_013207	GCG	2	6	81136	81141	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793126
1592	NC_013207	GT	3	6	81158	81163	0 %	50 %	50 %	0 %	257793126
1593	NC_013207	GCG	3	9	81187	81195	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793126
1594	NC_013207	GCGA	2	8	81222	81229	25 %	0 %	50 %	25 %	257793126
1595	NC_013207	AGCG	2	8	81267	81274	25 %	0 %	50 %	25 %	257793126
1596	NC_013207	AGG	2	6	81287	81292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793126
1597	NC_013207	CCA	2	6	81322	81327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793127
1598	NC_013207	CGC	2	6	81578	81583	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793127
1599	NC_013207	GCG	2	6	81606	81611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793127
1600	NC_013207	TGG	2	6	81694	81699	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793127
1601	NC_013207	CGT	2	6	81707	81712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793127
1602	NC_013207	TCG	2	6	81727	81732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793127
1603	NC_013207	CGA	2	6	81736	81741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793127
1604	NC_013207	GAACAC	2	12	81791	81802	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257793127
1605	NC_013207	GGT	2	6	81806	81811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793127
1606	NC_013207	GAC	2	6	81917	81922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793127
1607	NC_013207	CCGC	2	8	81984	81991	0 %	0 %	25 %	75 %	257793127
1608	NC_013207	GC	4	8	82101	82108	0 %	0 %	50 %	50 %	257793128
1609	NC_013207	TCGA	2	8	82126	82133	25 %	25 %	25 %	25 %	257793128
1610	NC_013207	GC	3	6	82143	82148	0 %	0 %	50 %	50 %	257793128
1611	NC_013207	TTG	2	6	82150	82155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793128
1612	NC_013207	GGCCC	2	10	82329	82338	0 %	0 %	40 %	60 %	257793128
1613	NC_013207	GAC	2	6	82344	82349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793128
1614	NC_013207	CGAT	2	8	82365	82372	25 %	25 %	25 %	25 %	257793128
1615	NC_013207	GCG	2	6	82391	82396	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793128
1616	NC_013207	GCG	2	6	82584	82589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793128
1617	NC_013207	GTG	2	6	82591	82596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793128
1618	NC_013207	TCA	2	6	82610	82615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793128
1619	NC_013207	TATCCG	2	12	82633	82644	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257793128
1620	NC_013207	GCC	2	6	82779	82784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793128
1621	NC_013207	TCA	3	9	82793	82801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793128
1622	NC_013207	CTT	2	6	82910	82915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793128
1623	NC_013207	TCT	2	6	82976	82981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793128
1624	NC_013207	TCG	2	6	83032	83037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793128
1625	NC_013207	GGA	2	6	83040	83045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793128
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1627	NC_013207	GGA	2	6	83097	83102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793128
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.